Em geral, a diferença da perspectiva do usuário deve ser puramente estética. O Qt e o GTK definem temas de forma independente (por exemplo, qtconfig ou gtk-chtheme ), mas isso é harmonizado por alguns ambientes de área de trabalho.
O GNU / Linux tende a ser mais orientado para o GTK do que o Qt, no sentido de que o primeiro é mais comumente usado, então você pode querer preferí-lo quando tiver a opção; uma exceção seria no KDE, que usa Qt para seus próprios aplicativos - embora nenhum desses fatores seja muito importante.
Uma questão mais significativa seria em contextos com RAM muito limitada (como em, < 1/4 GB); Nesse caso, você provavelmente desejaria que o sistema usasse exclusivamente o GTK ou Qt, mas não ambos. Na maioria dos desktops modernos com gigabytes de memória, no entanto, isso não é uma preocupação - usar ambos extensivamente pode custar um extra (palpite) 50-100 MB.
Note que também existem versões diferentes de ambos GTK (2 e 3) e Qt (3 e 4) ainda amplamente usadas, mas não retrocompatíveis (então um aplicativo Qt 3 não pode usar bibliotecas Qt 4). No entanto, ambas as versões podem existir em um sistema ao mesmo tempo e a conseqüência mais séria disso seria o potencial de confusão e um pouco mais de inchaço na memória.