Use isso:
cp -R inputFolder/. outputFolder
Isso funciona exatamente da mesma maneira que, digamos, cp -R aaa/bbb ccc funciona: se ccc não existir, ele será criado como uma cópia de bbb e seu conteúdo; mas se ccc já existir, então ccc/bbb será criado como a cópia de bbb e seu conteúdo.
Para quase todas as instâncias de bbb , isso indica o comportamento indesejável que você observou na sua pergunta. No entanto, nessa situação específica, o bbb é apenas . , então aaa/bbb é realmente aaa/. , que, por sua vez, é apenas aaa , mas com outro nome. Então, temos esses dois cenários:
-
cccnão existe:O comando
cp -R aaa/. cccsignifica "criarccce copiar o conteúdo deaaa/.emccc/., ou seja, copiaraaaemccc. -
cccexiste:O comando
cp -R aaa/. cccsignifica "copiar o conteúdo deaaa/.emccc/., ou seja, copiaraaaemccc.