Os desenvolvedores do Gnome / Wayland / X estão trabalhando nisso. Assim como no OS X e no Windows, a solução provavelmente envolverá a ideia de um pixel "desacoplado" dos pixels físicos. Isso é meio bobo, mas resolve o problema do software que faz suposições sobre o DPI e o tamanho relativo de um pixel.
Há uma atualização sobre isso do desenvolvedor do Gnome, Alexander Larsson, aqui: suporte da HiDPI no Gnome .