Parte da resposta depende do que você quer dizer com sua própria distro. Se você quer dizer que uma versão do Linux customizada foi criada para seus próprios propósitos para você usar em suas próprias máquinas, ou mesmo em seu próprio escritório, existem algumas ferramentas muito interessantes que permitem customizar distribuições existentes que são conhecidas trabalhando.
Olink cobre as instalações de kickstart do CentOS (também se aplica para Scientific, Fedora e RedHat.) Há também o link que permite criar um disco de instalação personalizado do SuSe Linux, o que significa que você pode obter os pacotes quer instalado logo de cara. A vantagem deste método, mais ainda com o kickstart, é que você pode escolher pacotes individuais e deixar de lado qualquer coisa que você não queira se preocupar, mas também obter as vantagens de saber que pacotes atualizados estarão disponíveis para você e funcionarão. sem uma quantidade significativa de testes e sobrecarga da sua parte.
Se você está apenas procurando fazer com que pareça do jeito que você quer, telas personalizadas, logotipos, etc., há uma tonelada de guias disponíveis para fazer esses tipos de alterações.
Agora, se você realmente quer apenas obter porcas e parafusos e realmente fazer as suas próprias coisas, então a sugestão de @vfbsilva de olhar para o LFS é insubstituível. Você realmente aprende como as coisas são colocadas juntas e quais são os requisitos para fazer o Linux ... bem, o Linux. No entanto, fazer isso algumas vezes era o suficiente para que eu percebesse que não queria ter de recriar todos os pacotes que tinham uma atualização de segurança lançada semanalmente. :)