Adicionando o NEW fixou, acredito.
Agora, meu arquivo iptables tem essa aparência ...
# Generated by iptables-save v1.3.5 on Thu Oct 3 22:25:54 2013
*filter
:INPUT ACCEPT [0:0]
:FORWARD ACCEPT [0:0]
:OUTPUT ACCEPT [824:72492]
-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 21 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m tcp --dport 20 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m tcp --sport 1024:65535 --dport 20:65535 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -p tcp -m state --state ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-port-unreachable
-A OUTPUT -p tcp -m tcp --dport 21 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A OUTPUT -p tcp -m tcp --dport 20 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A OUTPUT -p tcp -m tcp --sport 1024:65535 --dport 20:65535 -m conntrack --ctstate NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
COMMIT
# Completed on Thu Oct 3 22:25:54 2013
Digitando-o como resposta, uma vez que muitos caracteres não são permitidos no comentário. Muito obrigado pela sua ajuda.