Você pode instalar os arquivos de cabeçalho de kernel corretos assim:
$ sudo yum install "kernel-devel-uname-r == $(uname -r)"
Exemplo
Este comando sempre instalará a versão correta.
$ sudo yum install "kernel-devel-uname-r == $(uname -r)"
Loaded plugins: auto-update-debuginfo, changelog, langpacks, refresh-packagekit
No package kernel-devel-uname-r == 3.12.6-200.fc19.x86_64 available.
Error: Nothing to do
Ou você pode pesquisá-los assim:
$ yum search "kernel-headers-uname-r == $(uname -r)" --disableexcludes=all
Loaded plugins: auto-update-debuginfo, changelog, langpacks, refresh-packagekit
Warning: No matches found for: kernel-headers-uname-r == 3.12.6-200.fc19.x86_64
No matches found
No entanto, também observei esse problema onde versões específicas de cabeçalhos não estão presentes nos repositórios. Você pode ter que entrar no Koji para encontrar uma versão específica de uma compilação.
Essa página inclui todos os ativos para essa versão específica do Kernel.