Seu shell tem um pwd embutido, que tenta ser "inteligente". Depois que você fez um cd em um link simbólico, o pwd interno falsifica a saída como se você tivesse movido para um diretório real.
Passe a opção -P para pwd , ou seja, execute pwd -P . A opção -P (para “físico”) diz a pwd para não fazer nenhum rastreamento de link simbólico e exibir o caminho “real” para o diretório.
Como alternativa, também deve haver um binário real pwd , que não faz (e nem é capaz de fazer) esse tipo de mágica. Apenas use essa explicitamente binária:
$ type -a pwd
pwd is a shell builtin
pwd is /bin/pwd
$ mkdir a
$ ln -s a b
$ cd b
$ pwd
/home/michas/b
$ /bin/pwd
/home/michas/a