Sim e não.
Os vírus / trojans são apenas programas e funcionarão no Wine ... Além disso, o seu sistema de arquivos Linux normal é exposto ao Wine com o usuário que lança as credenciais do Wine.
MAS, geralmente os vírus são baseados em muitos hacks, e eles esperam uma instalação "padrão" e comum do Windows. Eu duvido que qualquer vírus seja codificado pensando que ele será executado no Wine, e se existir, provavelmente não será muito bem sucedido.
Por quê? Como os usuários do Wine são uma pequena parte dos usuários normais, eles têm instalações "estranhas" e estranhas (pense em todos os tipos de Linux + Wine), geralmente são usuários avançados, e eles têm uma strong comunidade ciente da segurança.
Então: sim, você está exposto a vírus do Windows, mas não totalmente exposto, e provavelmente sua instalação do Linux não estará contaminada. Apenas tenha cuidado, pois você está no Windows.
Por outro lado, você pode usar várias técnicas para aumentar a segurança: use chrooted wine (pesquisa no google para chroot), ambientes virtualizados, etc ...