Eu tenho esse problema também. Eu acho que está relacionado ao bug aqui:
O problema parece estar relacionado a uma funcionalidade específica no gtk 3.0, provavelmente relacionada ao redimensionamento da janela ou ao fazer a alça de redimensionamento aparecer: Eu tenho esse comportamento quando uso o Meta-Mouse2 para redimensionar em Awesome. Eu também vi isso acontecendo apenas no curso de uso regular. Algumas coisas que podem ajudar:
1) Você pode começar a fechar janelas gtk aleatórias. Na minha experiência, o problema só desaparece quando fecho meu último terminal de gnomo. Eu realmente deveria encontrar um terminal não-gtk que me agrade.
2) Sempre execute incríveis com suas janelas em algum layout em vez de livre. Isso fará com que a alça de redimensionamento não apareça acidentalmente.
Além disso, acho que o melhor que você pode fazer é esperar que alguém descubra o caminho do código e corrija esse problema.