Quantas partições você tem. Se acontecer de você ter 4 partições primárias, então o Ubuntu dirá para substituir o seu Windows existente, uma vez que não há mais slots de partições primárias restantes (o máximo é de 4 partições primárias).
Verifique se este é o caso e decida qual partição você deseja remover ou alterar para uma partição lógica.
A explicação (com imagens) pode ser encontrada em É possível ter o Windows 8 e o Ubuntu no mesmo disco rígido?
A resposta deve dar uma idéia de como remover uma das principais e criar uma lógica que pode ser estendida para várias partições.