Quando você executar um comando em bash , ele se lembrará da localização desse executável, para que não precise pesquisar o PATH novamente a cada vez. Portanto, se você executar o executável e, em seguida, alterar o local, bash ainda tentará usar o local antigo. Você deve confirmar isso com hash -t pip3 , que mostrará o local antigo.
Se você executar hash -d pip3 , ele avisará o local antigo e deverá encontrar o novo na próxima vez que você tentar.