Olhando para as versões, revela o problema:
% gpg-agent --version
gpg-agent (GnuPG) 2.1.7
% gpg --version
gpg (GnuPG) 1.4.19
Os componentes vêm de diferentes pacotes ( gnupg2-2.1.7-1.fc22.x86_64
e
gnupg-1.4.19-2.fc22.x86_64
no meu caso). A solução é usar o gpg2
comando em vez de gpg
.