Use gksudo
para isso:
gksudo gedit
Isso deve fazer o truque.
Estou no ubuntu 12.10.
Toda vez que tento abrir o gedit no root, aparece:
(gedit:3254): EggSMClient-WARNING **: Failed to connect to the session manager: None of the authentication protocols specified are supported
** (gedit:3254): WARNING **: Could not connect to session bus
Eu tive o mesmo problema. Resolvido com o seguinte comando
sudo gedit &