Processos e arquivos são, na verdade, de propriedade de números de ID de usuário, não nomes de usuário. rootk e root têm o mesmo UID, então tudo que pertence a um também pertence ao outro. Com base na sua descrição, parece que userdel viu cada processo raiz (UID 0) como pertencente a rootk user.
De acordo com esta página de manual , userdel tem uma opção -f para forçar a remoção da conta mesmo que tenha processos ativos. E userdel provavelmente excluiria a entrada passwd e o diretório pessoal de rootk , sem afetar a conta raiz real.
Para ser mais seguro, posso estar inclinado a editar manualmente o arquivo de senha para remover a entrada de rootk e, em seguida, remover o diretório inicial de rootk . Você pode ter um comando em seu sistema chamado vipw , que permite editar com segurança o /etc/passwd em um editor de texto.