Os aplicativos da Web são basicamente inicializadores em seu sistema, juntamente com alguns códigos que são executados em seu navegador para fornecer notificações e outros recursos de integração do sistema.
Os aplicativos da web que você instalou são armazenados em ~/.local/share/applications
e, em alguns casos, em /usr/share/applications
(no caso de aplicativos instalados usando o Ubuntu Software Center). Você pode pesquisar por Webapps do Dash e adicioná-los ao seu lançador também, mas você não pode realmente controlá-los como tal por padrão.
Existe uma aplicação chamada Unsettings que lhe permite ativar e desativar aplicações Web específicas, ou pode fazê-lo manualmente removendo a sua .desktop
files.