Sim, o Wayland usa o XKB para layouts de teclado. Mas não é bem a pergunta certa, porque as coisas funcionam de maneira diferente do que no X. Lembre-se que Wayland é apenas um protocolo (mais uma biblioteca de wrappers).
No nível do protocolo, o wayland tem um evento wl_keyboard.keymap. Este evento contém um descritor de arquivo para o keymap e um classificador de formato. Neste momento, apenas um formato é definido: "xkb". Assim, um cliente wayland receberá um mapa de teclas compatível com XKB e poderá usar o libxkbcommon para interpretar isso para obter o glifo correto na tela, etc.
Mas Wayland não define como este mapa de teclado é decidido. Essa decisão depende do compositor. Em Weston, ele é lido a partir do arquivo de configuração na inicialização, no GNOME ele vem de gsettings, etc. E essa decisão também define como você pode alterar os mapas de teclado em tempo de execução (se possível). No GNOME, você usaria o painel de configuração ou definiria as chaves gsettings diretamente.
O protocolo X tem pedidos para definir o mapa de teclado no nível do protocolo e é isso que torna ferramentas como o setxkbmap possível. O Wayland não tem essas solicitações, não é possível definir o mapa de teclado usando apenas o protocolo Wayland.