Mudar o padrão Python (ou Perl, etc) em um sistema operacional é uma má idéia realmente . Este interpretador é, na verdade, parte do sistema operacional e pode haver outros componentes do sistema operacional escritos especificamente para trabalhar com essa versão do interpretador.
Por exemplo, no Redhat, a ferramenta yum que realiza atualizações de software do sistema é um aplicativo python. Você realmente não quer quebrar isso. Tais aplicativos podem depender de módulos python específicos, talvez não padrão, que estão sendo instalados e cuja versão instalada pode não ter. Por exemplo, no Ubuntu, acredito que algumas das ferramentas internas do sistema operacional escritas em Python usam um ORM chamado Storm que não faz parte da biblioteca padrão do Python. Sua instalação limpa do Python 2.7 tem a versão específica esperada do módulo Storm instalada? Tem alguma versão do Storm? Não? Então você acabou de quebrar um pedaço do seu SO.
A maneira correta de fazer isso é instalar sua versão preferida do python e configurar sua conta de usuário para usá-la configurando seu caminho .bash_profile, e assim por diante. Você também pode querer olhar para o módulo virtualenv para Python.