No início (tanto historicamente como no processo de inicialização ...), /etc
é uma parte de /
(o primeiro sistema de arquivos montado), enquanto /usr
não foi (até que os discos ficaram grandes). /var
contém dados temporários , enquanto esses scripts não são temporários.
Não é tão simples, mas começou dessa forma e não há motivo para refazer todo o layout do diretório.