Talvez o seu proxy em todo o sistema ainda esteja ativado? Vá para a caixa de diálogo "Rede" em "Configurações" e verifique se o proxy está desativado.
Desde que a configuração do sistema esteja lá, o APT procura por um proxy.
Outra coisa que você pode querer tentar é executar export http_proxy=''
no bash antes de executar o aptget e garantir que você tenha Defaults keep_env http_proxy
em sudo visudo
antes de executar apt-get