Isso ocorre se você montar o Kindle 3 (3G) quando o Caliber não estiver em execução?
Existem vários problemas conhecidos com conflito entre o Nautilus / OS e o Calibre sobre a montagem / desmontagem. Além disso, alguns esforços para resolver isso (por exemplo, calibre-mount-helper) introduziram falhas de segurança e não são recomendados.
A provável melhor solução é usar a versão mais recente do Caliber , de: link