Você não precisa necessariamente da linha PWM para controlar a velocidade do ventilador. Isso é conseguido simplesmente controlando a voltagem de cada ventoinha.
Esse cara projetou uma prancha que controla até 4 fãs. Infelizmente você terá que escrever seus próprios scripts para usá-lo corretamente: link
Se isso for muito complicado, você pode optar por um "controlador de ventilador". Eles são vendidos por muitos fabricantes de ventiladores e encaixam em baias de 3,5 ". Exemplo: Scythe Kaze Q ou Scythe Kaze Master.
Se o preço não é um problema, há também essa coisa: link