Uma barra invertida fora das aspas significa "interpretar o próximo caractere literalmente durante a análise". Como . é um caractere comum para o analisador, \. é analisado da mesma maneira que . e invoca o builtin . (do qual source é um sinônimo no bash).
Há um caso em que isso pode fazer diferença neste contexto. Se um usuário definiu um alias chamado . anterior em .profile e .profile está sendo lido em um shell que expande aliases (que o bash só faz por padrão quando é invocado interativamente), então . acionaria o alias, mas \. ainda acionaria o builtin, porque o shell não tenta expansão de alias em palavras que foram citadas de alguma forma.
Eu suspeito que . foi alterado para \. porque um usuário reclamou depois que eles criaram um alias para . .
Observe que \. invocaria uma função chamada . . Presumivelmente, os usuários que escrevem funções são mais bem informados do que os usuários que escrevem aliases e sabem que redefinir um comando padrão em .profile é uma má idéia se você incluir código de terceiros. Mas se você quisesse ignorar os aliases e as funções, poderia escrever command . . O autor deste trecho de código também não fez isso porque se importava com os shells antigos que não tinham o command incorporado ou, mais provavelmente, porque eles não sabiam disso.
A propósito, definir qualquer alias em .profile é uma má idéia porque .profile é um script de inicialização session , não um shell script de inicialização. Aliases para bash pertencem a .bashrc .