O limite será o número de inode
s na sua partição, já que os diretórios, como arquivos comuns, recebem um inode cada.
Nada o impediria de criar um diretório dentro de um diretório dentro de outro diretório e assim por diante até você ficar sem inode
s.
Observe que a linha de comando do shell tem um comprimento máximo que pode causar problemas com caminhos realmente longos, mas ainda seria possível cd
progressivamente para o arquivo de destino.