Acabei de responder uma pergunta semelhante aqui: link
Em resumo, isso pode ser feito pelo menos no GTK. Embora isso dependa do próprio aplicativo, conforme escrito no wiki do Arch: link
Com essa configuração, não é possível mover as janelas entre as telas, além de alguns programas especiais, como o GIMP e o Emacs, que têm suporte a várias telas.