Resposta simples: você não pode, o root pode fazer tudo.
Você pode definir o atributo "i" com o chattr (pelo menos se você estiver no ext {2,3,4}), o que torna um arquivo imutável, mas o root pode apenas remover o atributo e excluir o arquivo de qualquer maneira.
Solução alternativa mais complexa (e feia): Coloque o diretório que você deseja imutável para root no servidor remoto e monte-o via NFS ou SMB. Se o servidor não oferecer permissões de gravação que bloqueiem a conta raiz local. É claro que a conta raiz local poderia simplesmente copiar os arquivos localmente, desmontar as coisas remotas, colocar a cópia no lugar e mudar isso.
Você não pode bloquear o root de excluir seus arquivos. Se você não pode confiar em sua raiz para manter os arquivos intactos, você está tendo um problema social, não técnico.