Eu não acho que depclean funciona da maneira que você descreveu. Sem nenhum argumento, mas se você passar um nome de pacote, ele funciona como unmerge com uma verificação de dependência adicional. De emerge(1) :
Depclean serves as a dependency aware version of
--unmerge. When given one or more atoms, it will unmerge matched packages that have no reverse dependencies. Use--depcleantogether with--verboseto show reverse dependencies.
Eu sempre uso --depclean ( -c ) para desmembrar pacotes individuais; funciona bem