Da sintaxe here-string ( <<< ) que você usou, eu suponho que seu shell é bash , então você também pode usar string com caracteres de escape de barra invertida ( $'' ):
sftp -o PasswordAuthentication=no user@host <<< $'lcd /home\n cd /myhome\n get file'
A alternativa portátil é aqui-documento:
sftp -o PasswordAuthentication=no user@host <<END
lcd /home
cd /myhome
get file
END