Em sistemas Upstart mais recentes, um processo init de sessão é iniciado quando você faz login usando a GUI. Como o Ubuntu usa o Upstart, há um processo init para sua sessão. Teste usando pstree -ps $$ em um terminal:
$ pstree -ps $$
init(1)───lightdm(1741)───lightdm(9511)───init(9526)───/usr/bin/termin(9570)─┬─gnome-pty-helpe(9734)
└──zsh(7944)
Portanto, quando você executar killall init , não estará matando init PID 1 (porque você não tem o privilégio), mas a sua sessão init , que seria PID 9526 neste exemplo.
Como esse init é o processo que rege sua sessão de GUI, matá-lo mata sua sessão e, portanto, você está desconectado.