Durning make , eu encontro o mesmo problema que o seu no ponto de 48%.
Você precisa mudar
Molsketch-0.2.0-Source / libmolsketch / src / stereocenteritem.cpp linha 66 como: std::vector<OpenBabel::OBStereoUnit> units = FindStereogenicUnits(obmol, symmetry_classes);
Quando a compilação chega a 90%, eu encontro outro problema:
Molsketch-0.2.0-Source / molsketch / src / mainwindow.cpp: 22: 28: fatal error: QAssistantClient: Nenhum arquivo ou diretório desse tipo
Minha versão Qt é 4.8.5.Qt remove QAssistantClient após 4.7 + .Minha solução é, comentar todas as linhas relacionadas a QAssistantClient em mainwindow.cpp e mainwindow.h.