cruft
é uma ferramenta útil exatamente para este propósito: faz uma comparação entre um sistema de arquivos e o banco de dados de pacotes Debian instalados. Além de listar arquivos desconhecidos, ele também lista os arquivos que estão faltando, mas que devem estar lá.
Eu o uso rotineiramente junto com debsums
quando eu preciso iniciar a administração do sistema ou atualizar o trabalho na máquina que eu não cuidei anteriormente. Isso permite que eu localize quaisquer modificações e instalações locais e planeje para elas, em vez de o cliente dizer a mim depois de uma atualização que seu software não funciona mais.
Instalar:
apt-get install cruft
Listar todos os "cruft", mas ignorar os diretórios nomeados:
cruft --ignore "/dev /proc /sys /root /home /tmp"
Mais informações:
man cruft
zless /usr/share/doc/cruft/README.gz