O NFS foi inventado no mundo Unix e, portanto, entende as permissões tradicionais do Unix prontas para uso. (A ACL dos sistemas unix modernos é outra questão, mas as implementações recentes do NFS devem lidar com elas.)
O Samba foi inventado no mundo do IBM / Microsoft PC, para trocar arquivos com sistemas que não tinham permissões além de somente leitura / leitura-gravação. Agora é nativo do Windows. Por padrão, o Samba não transmite permissões do Unix. Dependendo da configuração, todos os arquivos são marcados como executáveis (o que é irritante) ou todos os arquivos (exceto os diretórios) são marcados como não-executáveis (o que é irritante).
Existem várias extensões para o protocolo Samba / CIFS que o tornam mais adequado para o uso do Unix. Tente ativar extensões Unix na configuração do servidor:
[global]
unix extensions = yes