Você pode tentar desativar o módulo do kernel responsável pela criação dos bipes. Basta editar o arquivo /etc/modprobe.d/blacklist.conf
e adicionar as linhas
blacklist pcspkr
blacklist snd_pcsp
Se você salvar o arquivo e reinicializar, o seu PC não deve mais emitir bipes. Considere que seu PC não apita mais. Isso pode ser o que você quer, mas se não, este não é o caminho certo para você.