Eu descobri um trabalho muito ruim, se você mover a janela de contatos (ou qualquer janela) sobre a parte da janela de bate-papo mostrando o seu vídeo (a pequena miniatura no canto), a cintilação pára.
De alguma forma, o problema está relacionado a mostrar a miniatura do vídeo e o vídeo remoto ao mesmo tempo.
Eu também tentei atualizar xserver-xorg-video-intel de 2.9 para 2.15, alterando entre uxa e sna acceleration e definindo a opção XvPreferOverlay xorg para true - nenhum make uma diferença.
Isso não acontece com o driver fbdev , mas não é possível renderizar mais de 1fps de vídeo em tela inteira.