O comando history apenas funciona no seu arquivo de histórico, $HISTFILE (geralmente ~/.history ou ~/.bash_history ). Será muito mais fácil se você simplesmente remover as linhas desse arquivo, o que pode ser feito de várias maneiras. grep é unidirecional, mas você deve ter cuidado para não sobrescrever o arquivo enquanto o lê:
$ grep -v searchstring "$HISTFILE" > /tmp/history
$ mv /tmp/history "$HISTFILE"
Outra maneira é com sed :
$ sed -i '/searchstring/d' "$HISTFILE"