O comando em versões recentes do snapper é (não me lembro quando foi introduzido, mas a versão em, por exemplo, o openSUSE 13.2 suporta isso):
snapper delete number1-number2
Então, para excluir todos os instantâneos (supondo que você não tenha mais do que 100000 deles) você faria:
snapper delete 1-100000
Obviamente, isso exclui apenas instantâneos na configuração raiz padrão, portanto, para uma configuração diferente, seria:
snapper -c configname delete number1-number2