Edite /etc/gdm/custom.conf
e adicione ou altere a diretiva Exclude
no [greeter]
seção:
[greeter]
Exclude=nobody,alice,bob
Os usuários alice
e bob
não serão mostrados na lista na tela de login, mas ainda poderão fazer login digitando seu nome e senha (se tiverem uma senha).
Veja mais detalhes em Como esconder usuários do GDM tela de login? (é principalmente independente da distribuição - alguns detalhes podem mudar, por exemplo, arquivos podem estar localizados em locais diferentes, e o limite para usuários do sistema é 500 na maioria dos derivados da Red Hat, mas 1000 na maioria dos derivados Debian).