Eu posso acessar meu diretório bin do Minecraft acessando ~/.minecraft/bin/
Embora isso não seja específico do Ubuntu, recomendo que você experimente MagicLauncher . Isso permite que você instale e ative / desative mods do Minecraft com muita facilidade.
Depois de executar, clique em Configurar. Você será apresentado com este diálogo:
Em seguida, para adicionar um mod clique em Adicionar e selecione o zip do mod que você deseja instalar. Muito simples!