Você pode fazer isso com uma linha de comando:
find orig/ -type f -exec cp -u -a \{\} dest/ \;
em que orig é o diretório que contém as coisas que você deseja nivelar e copiar e o seu diretório de destino. Então, o que isso vai fazer é:
- encontre cada arquivo no orig / e em seus subdiretórios
- para cada arquivo, chame copy (cp) para dest com as seguintes opções: u significar update, ou seja, copiar somente se o arquivo for mais novo, um archive, ou seja, manter atributos, entre eles as datas de criação / modificação
O pequeno teste aqui funcionou, mas é claro, tenha cuidado e tenha um backup em caso: -)