Sim, isso é um pouco inconsistente, mesmo dentro das ferramentas GNU.
Um problema com sua proposta é que diretórios não vazios não podem ser removidos. Além disso, -T
(na terra GNU, de qualquer forma) aproxima o que você quer (o primeiro caso):
$ ls dira/ dirb/
dira/:
a
dirb/:
b
$ mv -iT dira/ dirb/
mv: overwrite 'dirb/'? y
mv: cannot move 'dira/' to 'dirb/': Directory not empty
$ rm dirb/b
$ mv -iT dira/ dirb/
mv: overwrite 'dirb/'? y
$ ls dira/ dirb/
ls: cannot access dira/: No such file or directory
dirb/:
a