Você poderia fazer assim com o awk:
awk 'BEGIN { FS = OFS = "\t" } { for(i=1; i<=NF; i++) if($i ~ /^ *$/) $i = 0 }; 1' file
Explicação
A configuração de FS e OFS para a guia garante que a saída seja delimitada corretamente. O loop for examina cada campo e o define como zero se estiver vazio. Aquele no final é uma abreviação de { print $0 }
.