Você pode usar -C
várias vezes (passando de um diretório para outro):
tar czvf archive.tar.gz -C /home/martin/cvs/ops/cisco/b s1 s2 -C ../../extreme/b r3 -C ../../j/b r5
Note que cada opção -C
é interpretada em relação ao diretório atual naquele ponto (ou você pode apenas usar caminhos absolutos).