Existem muitos casos de corrupção de disco virtual do Wubi. A causa exata não é clara para mim, embora eu suspeite que em muitos casos é o desligamento / reinicialização forçada da instalação do Ubuntu Wubi. Existem alguns casos em que os usuários afetados insistem que não forçaram o desligamento, então a verdade é que não sei exatamente. Mas o que eu sei é que a minha página do blog para corrigir este problema é, de longe, a página mais visitada, por isso afeta muitas pessoas.
É por isso que recomendo que, se você precisar armazenar dados, faça isso na partição / host (NTFS) como arquivos separados, em vez de todos armazenados juntos no disco virtual (que é realmente apenas um arquivo). É simplesmente uma questão de risco, se esse arquivo é excluído por acidente ou corrupção, você tem todos os seus ovos em uma cesta.
O que eu também recomendo é sincronizar os dados que você mantém na instalação do Wubi no Ubuntu One. Então, dessa forma, você pode ter a conveniência de Wubi sem o risco.
O limite de 32GB no script (que eu mantenho) é baseado no limite de 30GB incorporado no Wubi. Não tenho nenhuma razão específica ou conhecimento de que qualquer coisa sobre isso seja mais suscetível à corrupção (e pessoalmente duvido que isso faça alguma diferença), mas não acredito que as pessoas devam ser encorajadas a criar discos virtuais de 100 GB por causa do risco. Essa é a razão.
Eu escrevi sobre isso no meu blog que eu encorajo você a ler se você tiver mais perguntas: link