Esta mensagem geralmente indica que você está perdendo os cabeçalhos do kernel. Quando você compila um módulo de kernel de terceiros, você precisa de alguns arquivos fonte do kernel e alguns arquivos adicionais que dependem da configuração do tempo de compilação do kernel e são gerados quando o kernel é compilado. Esses arquivos são chamados de “cabeçalhos de kernel”, e a maioria das distribuições Linux, incluindo o Ubuntu, os envia em um pacote separado. Você precisa do pacote de cabeçalho do kernel correto para a sua versão do kernel; dada a mensagem de erro, que seria linux-headers-3.2.0-29- pae genérico .
Note que já existe um pacote ndiswrapper no Ubuntu, você provavelmente não precisa compilá-lo manualmente. Vem em várias partes: ndiswrapper-dkms (fontes de módulos, compactadas para compilação automática em seu sistema), ndiswrapper-utils (utilitários de espaço do usuário), ndisgtk (opcional: uma interface GUI), ndiswrapper-comum (dependência de outros pacotes). Certifique-se de obter todas as dependências.