Sim, você pode instalar a partir do pendrive. A instalação do Ubuntu irá sobrescrever o bootmgr e tornar o seu computador tão bom (melhor ainda, provavelmente, já que é o Ubuntu;)) - dado que este é o único problema com ele.
De qualquer forma. Há muitas maneiras de obter o Ubuntu em um pendrive, muitas das quais são fáceis de encontrar com o google - ou no próprio site do Ubuntu.
Eu suponho que você vai fazer isso de outra máquina, provavelmente uma máquina Windows? Há um ótimo guia no site do Ubuntu explicando isso: link
To run Ubuntu from a USB stick, the first thing you need to do is insert a USB stick with at least 2GB of free space into your PC. The easiest way to put Ubuntu onto your stick is to use the USB installer provided at pendrivelinux.com. You’ll need to download and install and follow the instructions.
É realmente tão fácil quanto isso. Quando você terminar de fazer seu pendrive, basta inicializar a partir do pendrive e seguir a instalação do Ubuntu.
Se você não estiver no Windows, o mesmo link contém informações sobre isso também no Ubuntu ou no Mac OS.