Você está usando RestrictedDrivers ( BinaryDriverHowto / Nvidia ), porque estes podem ser a fonte do problema, às vezes. Para mim, os motoristas da fábrica mostraram-se melhores em GTS 450.
Talvez tente voltar, em Configurações, Drivers adicionais (Xubuntu 12.04.1). Caso contrário, a configuração 'Resolução' (e atualização) das Configurações do NVIDIA X Server pode funcionar. em vez de usar auto.
PS. Se você não pode 'Salvar no Arquivo de Configuração X' do utilitário nVidia, normalmente significa que o X foi modificado por outros meios e o Ubuntu está lendo as configurações de algum outro lugar agora (na minha experiência:))
Editar : Btw., só notei um monte de 'relacionados' à direita depois de postar.