Pode ser bastante perturbador e eu posso estar errado, mas o comportamento que você descreveu foi talvez um bug do Wine (que pode levar muito tempo para ser corrigido).
Deixe-me explicar porquê:
O Wine é uma camada para o Linux que ajuda os programas do Windows a serem executados no Linux. Portanto, o objetivo do Wine é imitar o Windows porque, se ele não fizer isso, os programas não funcionarão corretamente.
O caminho do Windows funciona apenas em dois modos: UNC (\ Computer \ path \ alguma coisa) e Drive letters (C: \ Windows \ System32)
Ter o sistema de caminho Unix / Linux no Windows (/. como você quer fazer) é contra as leis do Windows e, portanto, contra o Wine. Além disso, isso é algo estranho porque no Unix ele se refere a um arquivo de ponto sob a pasta raiz (mas você não pode tê-lo porque o arquivo. Tem um significado especial e deve ser seguido por pelo menos uma letra ou número)
Se eu entendi mal, forneça mais detalhes.