ls tem uma opção --hide=PATTERN que parece que faz o que você quer e pode ser substituído para mostrá-las com -a ou -A . Se você quiser que isso aconteça automaticamente, adicione um alias no seu ~/.bashrc (ou, no caso provável de já haver um alias para ele, adicione-o a esse alias).
$ touch {a,b,c}-{1,2,3}
$ ls
a-1 a-2 a-3 b-1 b-2 b-3 c-1 c-2 c-3
$ ls --hide=a*
b-1 b-2 b-3 c-1 c-2 c-3
$ ls --hide=*1
a-2 a-3 b-2 b-3 c-2 c-3
$ ls --hide=a*1
a-2 a-3 b-1 b-2 b-3 c-1 c-2 c-3
$ ls --hide=a*1 -A
a-1 a-2 a-3 b-1 b-2 b-3 c-1 c-2 c-3
Existe também um --ignore=PATTERN que não é sobreposto pelas opções -a e -A .