No meu sistema (13.04) o problema era com a taxa de atualização do compiz, ele é automaticamente configurado para 50hz, isso não é suficiente, depois de alterá-lo para 120Hz e desabilitar a detecção automática a interface é suave. Você pode alterar a taxa de atualização no gerenciador de configurações do compizconfig. O ruim é que a taxa de atualização é sempre definida para 50hz após o reinício do sistema. Parece ser esse bug: Taxa de atualização incorreta (baixa / gagueira) com o driver NVIDIA