Vá para o terminal gsettings set com.canonical.notify-osd gravity 4 , isso deve mover a notificação para o canto inferior esquerdo. Você pode ler uma resposta mais detalhada aqui link
No Ubuntu 12.04, as notificações aparecem no canto superior esquerdo da tela. Algumas vezes está me incomodando especialmente enquanto estou trabalhando no Virtual Box. Então, como alterar a localização dessas notificações, se eu quiser, por exemplo, fazer com que apareça no canto inferior esquerdo.