Para arquivos JAR, você precisa definir o CLASSPATH e não a variável de ambiente PATH.
Se você estiver usando o BASH, será: export CLASSPATH="$CLASSPATH:<full_path_to_each_jar_files>"
É melhor adicioná-lo no arquivo .bashrc
, a menos que você saiba o que está fazendo.
Exemplo:
export CLASSPATH="$CLASSPATH:$HOME/java/lib/foebar.jar:$HOME/extra/lib/another.jar"
Mas, claro, se você ainda estiver invocando o arquivo jar com a classe Main, será necessário usar o caminho completo para ele:
java -jar $HOME/java/lib/main-prog.jar
No entanto, você pode definir sua execução correta e executá-la:
chmod u+x $HOME/java/lib/main-prog.jar
export PATH=$PATH:$HOME/java/lib
main-prog.jar
Mas você precisa tomar cuidado para que seu classpath esteja correto e liste todos os jarros necessários.